Diskuze ohledně povinnosti obcí zavést vnitřní oznamovací systém vzbuzuje emoce, i když zákon o ochraně oznamovatelů ještě nebyl oficiálně vydán. V Senátu se objevila otázka, zda tato povinnost platí i pro obce s méně než 10 000 obyvateli, které zaměstnávají nejméně 50 zaměstnanců nebo jsou orgány veřejné moci působícími v oblasti daní z příjmů právnických osob nebo odvodů za porušení rozpočtové kázně.
Byl předložen pozměňovací návrh k zákonu, který měl vyjasnit povinnost obcí s méně než 10 000 obyvateli zavést vnitřní oznamovací systém. Tento návrh však nebyl Senátem přijat a žádné usnesení k návrhu zákona o ochraně oznamovatelů nebylo přijato.
V souvislosti s touto diskusí čelí mnoho obcí s počtem obyvatel do 10 000 tlaku komerčních subjektů nabízejících outsourcování ochrany oznamovatelů a tvrdících, že povinnost zavést vnitřní oznamovací systém platí i pro tyto obce. Svaz měst a obcí se obrátil na Ministerstvo spravedlnosti s dotazem, zda je tato povinnost pro obce s méně než 10 000 obyvateli, zaměstnávající nejméně 50 zaměstnanců nebo působícími v oblasti daní z příjmů právnických osob nebo odvodů za porušení rozpočtové kázně, platná.
Ministerstvo spravedlnosti při výkladu návrhu zákona dospělo k závěru, že všechny obce s méně než 10 000 obyvateli jsou osvobozeny od povinnosti zavést vnitřní oznamovací systém, bez ohledu na počet zaměstnanců. Tento závěr je podpořen jazykovým a systematickým výkladem příslušných ustanovení a odpovídá cíli zákona o ochraně oznamovatelů a transponované evropské směrnice. Ministerstvo spravedlnosti je připraveno podpořit tento závěr prostřednictvím informační a vzdělávací činnosti směrem k odborné i široké veřejnosti a také k územním samosprávám.